实施绩效工资要与规范津补贴结合进行，教师工资经费全部纳入财政保障，不再允许行政部门和学校自行发放任何津补贴，这给学校管理“必要的自由”带来了影响。如名师、优秀教师或骨干教师的激励问题，他们在学校发挥着重要的教育教学作用，实施绩效工资前，往往都有针对名师或骨干教师专门的经费开支，而实施绩效工资后，意味着所有的费用都列入教师的全部绩效计算；还有如考务、临时性加班等学校必要工作也是如此。这等于说教师绩效再大，也超不出上级划定“绩效工资边界”，绩效工资政策的不配套使得绩效工资在具体的实施中略显僵化，反而对很多能力强的教师形成了新的不公平，也挫伤其积极性。
另外，学校岗位配置问题集中体现在学校课时配备和班主任岗位的聘任上，在实施绩效工资后，工作量的均衡将成为工作安排时需要考虑的重要因素，一些能力差点的教师为了不减少收入，也会抢着去上课，而质量难以得到保证。此外，实行了绩效工资，班主任津贴有了大幅提升，班主任工作成为学校的香饽饽，以前很多老师都不愿意做班主任，现在学校却面临着怎样选择和平衡班主任岗位的问题。
实施绩效工资的指导意见规定，重点向一线教师、骨干教师和做出突出成绩的其他工作人员倾斜。但是没有对管理人员作出具体规定，导致了学校管理人员和教师之间的矛盾，在分配中无论倾向于哪一方都会影响员工积极性的发挥。其次是学校不同岗位和不同学科工作量的计算问题也不协调，教师更多是从自己岗位或学科的认识出发，而学校往往从全局的角度进行统筹，因此导致双方的利益不一致。
要优化后绩效工资时期学校绩效考核的管理，是一项系统的工作。“有钱发”还得“发好钱”，否则不能实现绩效工资的激励意义，还会带来很多负面效应。撇开教育行政层面不谈，需要学校管理者和教师个人统筹优化和密切协作。
一、学校管理层面
要解决好“考核什么”、“谁来考核”和“怎么考核”三大核心问题。考核主要包括考核的内容、主体和流程，即要做到合理设计考核指标、多元参与的考核方式和公正有序的考核流程。基础性指标体现作为教师职业的基本特点和要求的一般性指标，包括教师的职业道德、工作态度和教育教学过程常规；奖励性指标体现不同教师自主发展、教育教学效益和学校办学特色的个性化指标，如超额教学工作量、教学成效、各种公开教学、指导学生的个性发展和竞赛、课程研究和开发、科研成绩以及其他的学校特色工作等。考核主体有学校管理者、学生、教师个人、同行、家长、校外专家等。绩效考核的一般流程有“考核组织-考核辅导-考核实施-信息处理-集体考核-结果公示”。
二、教师个人层面
教师应正确认识到绩效工资实施的价值导向是促进教师人事制度改革、重建全社会对教师职业的普遍尊重、发展教育公平和教育均衡的必然手段。同时，教师应积极参与学校绩效考核，合理表达自己的利益诉求和意见建议，这也是现代学校民主管理思想的集中体现，有利于学校绩效考核的公正和顺利实施。
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